Το πρώτο Πανεπιστήμιο στην Ελλάδα ιδρύθηκε στις 3 Μαΐου 1837 και περιελάμβανε τις σχολές Θεολογίας, Δικαστικής (Νομική), Ιατρικής και Φιλοσοφίας. Η ιδέα για την ίδρυση του Πανεπιστημίου Αθηνών ανήκε στον Ιωάννη Καποδίστρια και η υλοποίησή της στον βασιλιά Όθωνα, προς τιμήν του οποίου ονομάστηκε «Οθώνειο Πανεπιστήμιο». Το «Οθώνειο» στεγάστηκε αρχικά στην οικία των αρχιτεκτόνων Σταμάτη Κλεάνθη και Eduard Schaubert, στην οδό Θόλου 5, στην Πλάκα, όπου σήμερα φιλοξενείται το Μουσείο Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1841 το «Οθώνειο» μεταστεγάστηκεστο Κεντρικό Κτήριο του Πανεπιστημίου Αθηνών, το οποίο κτίστηκε σε σχέδια του Θεόφιλου Χάνσεν και διακοσμήθηκε από τον Βιεννέζο ζωγράφο Karl Rahl. Το «Οθώνειο Πανεπιστήμιο» διατήρησε την ονομασία του, μέχρι την έξωση του Όθωνα από την Ελλάδα το 1862, οπότε και μετονομάστηκε σε «Εθνικό Πανεπιστήμιο».

Το 1911, ο Ελληνορώσος εθνικός ευεργέτης Ιωάννης Δομπόλης, φίλος και συνεργάτης του Ιωάννη Καποδίστρια, διέθεσε, με βάση τη διαθήκη του, κολοσσιαία περιουσία για την ίδρυση Πανεπιστημίου το οποίο θα ονομαζόταν «Καποδιστριακό». Στο Καποδιστριακό εντάχθηκε και το ήδη υπάρχον «Εθνικό Πανεπιστήμιο». Στο «Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο» εισήχθησαν οι σχολές Θεολογική, Νομική και Φιλοσοφική και στο «Εθνικό Πανεπιστήμιο» εντάχθηκε η Ιατρική Σχολή και εισήχθη και η Φυσικομαθηματική Σχολή. Έτσι τα δύο αυτά ιδρύματα συναποτέλεσαν το 1922 το «Αθήνησι ΕΚΠΑ». Το 1932 τα δύο ιδρύματα συνενώθηκαν και αποτέλεσαν το «Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών».

Η έδρα της Ιατροδικαστικής, που τότε ονομαζόταν «Δικαστική Ιατρική», ήταν από τις πρώτες που ιδρύθηκαν στην Ιατρική Σχολή στο Οθώνειο Πανεπιστήμιο το 1837 και ο πρώτος Καθηγητής που διορίστηκε στην έδρα της Δικαστικής Ιατρικής ήταν ο ιατρός Αλέξιος Πάλλης (1809-1885).

Το 1910 ψηφίστηκε ο Νόμος ΓΧΠ΄(3680)/19-3-1910, που αφορούσε στην ίδρυση της Ιατροδικαστικής Υπηρεσίας, όπου αναφερόταν ρητώς ότι οι τοξικολογικές αναλύσεις, οι αφορώσες στη Δικαιοσύνη, θα διενεργούνται στο Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας του Εθνικού Πανεπιστημίου.

Τα Εργαστήρια της Ιατρικής Σχολής στην περιοχή Γουδή, θεμελιώθηκαν την 27/4/1929 από τον τότε Πρύτανη Γεώργιο Ματθαιόπουλο, σε έκταση 30 περίπου στρεμμάτων, που παραχωρήθηκε το 1905 από τη Μονή Ασωμάτων-Πετράκη στο κράτος για την εγκατάσταση της Ιατρικής Σχολής και του Λαϊκού Νοσοκομείου.

Το Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας προσαρτήθηκε στην Ιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ το 1932, σύμφωνα με το άρθρο 9 και το άρθρο 289 του Ν 5343/23-3-1932 (ΦΕΚ Α΄86) «Περί Οργανισμού του Πανεπιστημίου Αθηνών». Το Εργαστήριο αυτό πρωτοστεγάστηκε σε ένα κτήριο επί της οδού Σωκράτους 40, κοντά στην Ομόνοια και τη δεκαετία του 1930 μεταφέρθηκε σε ένα νεοκλασικό κτήριο επί της οδού Ακαδημίας 40 και Μασσαλίας, στο κτήριο «Κωστής Παλαμάς», όπου σήμερα στεγάζεται το εντευκτήριο του Πανεπιστημίου. Το κτήριο «Κωστής Παλαμάς» πήρε την ονομασία του από τον ποιητή Κωστή Παλαμά, ο οποίος διετέλεσε Γραμματέας του Πανεπιστημίου από το 1897-1928. Το κτήριο «Κωστής Παλαμάς» αγοράστηκε από το Πανεπιστήμιο Αθηνών το 1870 για να στεγάσει τα Εργαστήρια Ιατρικών και Φυσικών Επιστημών και τα Πανεπιστημιακά Μουσεία. Στο κτήριο αυτό στεγαζόταν και το Νεκροτομείο Αθηνών μέχρι το έτος 1974.

Το έτος 1974 το Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας μεταφέρθηκε από την οδό Ακαδημίας και Μασσαλίας στα κτήρια της Ιατρικής Σχολής στη περιοχή Γουδή και στεγάστηκε σε αυτοτελές διώροφο οίκημα, στο ισόγειο του οποίου στεγάστηκε και το Εγκληματολογικό Μουσείο. Μαζί με το Εργαστήριο μεταφέρθηκε και το Νεκροτομείο Αθηνών, το οποίο ανήκει στο Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας και το οποίο στεγάστηκε σε παράπλευρο ισόγειο κτήριο. Στο Νεκροτομείο φιλοξενείται και η Ιατροδικαστική Υπηρεσία Αθηνών του Υπουργείου Δικαιοσύνης. 

Το Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας ανήκει στον Κλινικοεργαστηριακό Τομέα της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και οφείλει μεγάλο μέρος της επιστημονικής του ανάπτυξης και προόδου, αλλά και της οργανωτικής του διάστασης, στον αείμνηστο Καθηγητή Αντώνιο Κουτσελίνη (1935-2020). Ο Καθηγητής Κουτσελίνης εξελέγη Καθηγητής το 1981 και μέχρι το έτος 2003, διηύθυνε το Εργαστήριο, χαράσσοντας πραγματικά μια νέα εποχή στις Ιατροδικαστικές Επιστήμες στη χώρα μας. Κατά τη θητεία του, αν και παρέλαβε ένα μικρό χώρο και ένα Εργαστήριο με περιορισμένες δυνατότητες, κατάφερε να δημιουργήσει ένα πρωτοποριακό, μεγάλο Εργαστήριο, με πολλαπλές επιστημονικές δυνατότητες, σύμφωνα με τα διεθνώς κρατούντα πρότυπα του κλάδου. Το έτος 1993, με δικές του ενέργειες, έγινε η ανέγερση δευτέρου ορόφου στο Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας, όπου στεγάστηκαν η Μονάδα Τοξικολογίας και η Βιβλιοθήκη, το δε Εγκληματολογικό Μουσείο μεταφέρθηκε στον πρώτο όροφο.

Από την ίδρυση του Πανεπιστημίου και μέχρι σήμερα, το Εργαστήριο Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας, εκτός από τις τρέχουσες, πολλαπλές εκπαιδευτικές του υποχρεώσεις και τις ερευνητικές του δραστηριότητες, παρέχει πολύ σημαντικές υπηρεσίες στην Ελληνική πολιτεία και ιδίως στην Ελληνική Δικαιοσύνη. Τα μέλη ΔΕΠ του Εργαστηρίου συμμετέχουν σε πολλά εθνικά και διεθνή επιστημονικά Συμβούλια και Επιτροπές και συνδράμουν το Δικαστικό σύστημα της χώρας μας, διενεργώντας πραγματογνωμοσύνες και παριστάμενα ως πραγματογνώμονες στα Δικαστήρια της χώρας κατά τηνεκδίκαση υποθέσεων Ιατροδικαστικού, Τοξικολογικού ή Ανθρωπολογικού ενδιαφέροντος. Ιδιαιτέρως θα πρέπει να μνημονευθεί το γεγονός ότι το 1992 μετά από ενέργειες του καθηγητού Κουτσελίνη, τα Εργαστήρια Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας των Α.Ε.Ι. απέκτησαν το δικαίωμα διενέργειας ιατροδικαστικών πράξεων, καταργούμενου έτσι του μονοπωλιακού καθεστώτος της Ιατροδικαστικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης που ίσχυε στη χώρα μας από το 1911.

Το Εργαστήριο προσπαθώντας να αναπτύξει ακόμη περισσότερο τις δραστηριότητές του και να κατοχυρώσει την ποιότητα των παρεχομένων υπηρεσιών του, διαθέτει πλέον τη διαπίστευση των αναλυτικών του μεθόδων και των διαδικασιών, σύμφωνα με το πρότυπο ISO 17025-2017.

Το Εργαστήριο διευθύνει από το έτος 2003 η Καθηγήτρια και Αντιπρύτανις Οικονομικών, Προγραμματισμού και Ανάπτυξης του ΕΚΠΑ κ. Χαρά Σπηλιοπούλου.